Im Vergleich zu Mode 0, Mode 1, oder Mode 2 ist Mode 3 etwas komplizierter und wird bei weitem nicht so häufig eingesetzt. Gedacht war diese Betriebsart für Fälle, wo 3 Timer benötigt werden. Weiter verhalten sich in diesem Mode Time 0 und Timer 1 verschieden.
Schalte man Timer 0 in diesen Mode, dann wird dieser in zwei Hälften gespalten. So werden aus seinen beiden Bytes zwei von einander unabhängige 8-Bit Timer.
Schaltet man Timer 1 in diesen Modus, wird er ausgeschaltet. Um genau zu sein, er bleibt einfach stehen und speichert seinen alten Inhalt.